最终，这一事件的真相被揭露出来。直接策划、指挥这起事件的核心人物，就是"法轮功"组织的总头目李洪志。事发后，4月底，李洪志在接受美国《华尔街日报》上海站记者史可雷的电话采访时，否认其幕后操纵"法轮功"修炼者到中南海聚集，声称对此次行动全然不知。5月2日，李洪志在澳大利亚悉尼接受澳洲国家广播电视局、《悉尼晨报》、法新社等媒体记者采访时称，"北京发生的事，事先我一点也不知道，我当时在从美国来澳洲的路上" "完全知道这件事情是在布里斯班"，极力回避他与事件的关系。当人们拿出他到过北京的证据时，他又不得不承认他确实到过北京，但只是为了转机，没有离开机场。随着事实的不断披露，在这一谎言再度被戳穿后，他又改口说在北京只停留了一天，但"没有与任何人接触"。
事实真相是：4月22日李洪志以商业人员的身份，持回美证（号码：001106787，中国签证号003821），乘美国西北航空公司NW087次航班于22日下午5时35分从北京入境。22日、23日李洪志在分别与他的核心骨干纪列武、李昌、王治文等作了精心策划、部署之后，核心骨干们商定，北京这边一动，他就不宜留在北京，要赶快走，免得把自己暴露出来。为了掩盖罪责，4月24日一早，李洪志匆匆收拾行李，在纪烈武的护送下赶往首都机场，买了10时20分飞往香港的CA111次航班的机票。但班机因机械故障不能准点起飞，李洪志又改乘CA109次航班，于13时30分飞往香港。李洪志在北京共停留44个小时，入境卡和出境卡均为李洪志亲笔所填。25日当天，李洪志在香港坐镇遥控指挥北京现场活动，与北京骨干频繁来往电话20多次。在通话中，他多次要求"让外地人多来些，再多来些"。6日下午，纪烈武赶到香港，当面向李洪志详细汇报了围攻中南海的全部经过后，李洪志才搭乘国泰航空公司CX103次航班飞往澳大利亚布里斯班。
李洪志亲笔填写的入境登记卡
